たんぱく質（プロテイン）は主に小腸で分解されます。
腸とたんぱく質はどう関わっているのか、まずは腸について簡単に学びましょう。
小腸とは、十二指腸、空腸、回腸の３つをいいます。
長さは約６〜７mあり、広げるとテニスコート１面分の大きさがあると言われております。
全消化器官が約９mと言われておりますので、その３分の２が小腸ということになります。
腸は第２の脳とも呼ばれ、脳の指令以外にも独自で消化や免疫機能を司っています。
ちなみに、腸には全身の免疫機能の約７０％が存在していて、腸で免疫細胞が作られたり、活動したり、コントロールされています。
さらには、神経伝達でも脳と密につながっており、腸の中にも脳内物質がたくさん存在します。
腸内細菌は約１００兆個あり、善玉菌、悪玉菌、そして日和見菌の３つに分けれます。

善玉菌は主に、乳酸菌、ビフィズス菌などがあり、オリゴ糖や食物繊維が大好物で、消化吸収を助けたり、腸内の免疫機能が働きやすい環境を作ってくれます。
悪玉菌は主に、大腸菌、ブドウ球菌、ウェルシュ菌などがあり、動物性たんぱく質や動物性脂質が大好物で、増えぎると有害なガスが発生したり、腸壁に炎症を起こしたり、消化不良を起こし、便秘や下痢の原因にもなります。日和見菌は、善玉菌、悪玉菌のどちらにもなりうる中立的な立場で、その時の腸内環境によって善玉にも悪玉にもなります。

体に入ったプロテイン（たんぱく質）のその後〜小腸編〜
たんぱく質は腸内で主に悪玉菌によって分解されていきます。
特に動物性たんぱく質、動物性脂質をたくさん摂ると腸内で悪玉菌が増殖します。
その際に、納豆や味噌などの発酵食品や、食物繊維・ミネラルを多く含む野菜や海藻類を摂ることによって、善玉菌も活発になり腸内のバランスが保たれます。
そしてこの章のテーマである「プロテインを摂ったら便秘になった？」ですが、可能性としては起こりうると思います。
しかし、便秘には様々な原因が考えられます。
例えば、食物繊維不足、運動不足、水分不足、早食い、腸内環境の悪化、そして精神的ストレス等です。
個人の体質や生活習慣は大いに関係ありますが、「プロテイン」は手軽に多くのたんぱく質を摂取できますので、
急にたくさんのたんぱく質を摂ると、腸内環境が変わってガスが発生したり、便秘に繋がることは考えられます。
対策は？
１、「プロテイン」を初めて摂る方は最初は少しずつから、徐々に量を増やしていきましょう。
２、（動物性）たんぱく質をたくさん摂取すると悪玉菌が増えることが考えられますので、「プロテイン」を摂取している皆さん（便秘でなくても）は、
腸内環境を整えるために、より善玉菌の喜ぶことをお勧めいたします。
３、「プロテイン」を摂るときは、牛乳、豆乳や水などに溶かして飲んでいる方は多いと思いますが、冷たくせずに、温かめのお湯で割るなどして、腸を冷やさないようにしましょう。
４、自分に合うプロテインを選ぶ事は大切で、ホエイプロテインでも品質によっては違いはあります。
自分に合う「プロテイン」という事が大前提ですが、すぐに「プロテイン＝腸内環境に悪い（副作用）」とだけにせず、なぜ不調が起きたかの原因を探り、対応していく事が出来ればと思います。